In questo primo episodio cade completamente l'universo di Joey. Benché già nutra un conflitto con Dawson per via, come dice lei, degli ormoni ormai sempre più emergenti, è tutt'altra questione quella che sconvolge ora maggiormente l'amica del cuore di Dawson. L'arrivo di Jen a Capeside, un'affascinante bionda ragazza, fa da subito comprendere a Joey che non è più la leader del gentil sesso nel suo gruppo. Ora c'è qualcuno molto determinato a mettergli il bastone tra le ruote e, soprattutto, a portargli via quello che gli è più caro. Il fatto che Dawson si invaghisca immediatamente per la nuova arrivata la disturba enormemente, tanto da indurla a comportarsi per tutta la puntata come l'amica gelosa, disposta ad uscire fuori dai suoi canoni pur di non perdere Dawson.
Cambio di ruolo per la povera Joey Potter. Ora che il suo amico da tutta una vita, Dawson, sembra avere attenzioni solo per la nuova arrivata, Joey, per non perdere quel poco che gli è rimasto, è costretta ad abituarsi. E' così che getta l'ascia di guerra e comincia a comportarsi come l'amica dai buoni consigli, quella in un certo senso più esperta di un Dawson imbranato alle prime esperienze. Lentamente Joey sta vedendo sgretolarsi il suo intero mondo; Jen ora l'ha rimpiazzata persino nel suo ruolo nel film di Dawson e, benché la newyorchese tenti di comportarsi da buona amica con lei, Joey non sembra voler accettare questo tipo di attenzioni. Così, mentre lei stessa ormai si ritiene "morta" al ballo scolastico in cui deve fare da assistente a un confuso Dawson, non può fare altro che guardare impotente quello che sta avvenendo intorno a lei.
Sempre sulla scia dell'amica dai buoni consigli, Joey si sta dimostrando una buona stampella per il povero Dawson che sta vivendo dal suo canto infiniti conflitti per la nascente storia con Jen. Anche Joey però non vuole essere da meno. Messa da parte le delusioni portata dalla questione Dawson, ora sembra interessarsi ad un nuovo ragazzo arrivato in città. Il fatto però che lei nascondi la sua reale identità e che si dimostri essere una ragazza che realmente non è, non possono far altro, a sua completa inconsapevolezza, che diminuire le possibilità che ha con lui. Benché passi una splendida giornata, soprattutto con l'intento di comprendere che Dawson non è poi tutto il suo mondo, a fine puntata Joey è costretta ancora una volta ad arrendersi perché non è riuscita ad essere completamente onesta e coerente con il suo nuovo personaggio.
In questo episodio, la vita di Joey, continua a percorrere imperterrita la via della discesa piuttosto quella dell'ascesa. Dopo che Dawson ha scoperto che la madre frequenta un altro uomo e Joey sapeva già tutto, impotente deve vedersi colpevolizzare da Dawson per non essere stata quell'amica che lui riteneva fosse. Così, dopo essere sta messa da parte, ora Joey si vede completamente eliminata dalla vita di Dawson. A fine giornata però riesce a guadagnare un po' di terreno quando cerca di far capire a Dawson perché lei si è comportata in quel modo.
Ruolo relativamente importante per Joey in questa puntata. Mentre per Capeside impervia un temibile uragano, Joey è costretta a convivere in un contesto piuttosto imbarazzante. Però anche in questo caso riuscirà a fare la sua buona figura. Mentre da una parte comincia a deporre le armi anche nei confronti di Jen con la quale ora riesce a relazionarsi un po' di più rispetto a prima, dall'altra è persino capace di fare da paciere tra la stessa e Dawson. I due infatti si sono recentemente lasciati perché Jen ha confessato a Dawson di non essere quella ragazza così perfetta che gli aveva fatto credere.
E' arrivato il momento per Joey di diventare zia. Sconvolta dopo aver trovato Bessie, la sorella, sul ciglio della strada in procinto di partorire, Joey è nel caos più totale. Il suo intento è quello di riuscire a controllare nel miglior modo possibile la situazione, ma in un primo momento non ci riuscirà assolutamente. Dopo aver portato Bessie a casa di Dawson e dopo aver scoperto con lui che Bessie dovrà partorire nel soggiorno della casa del Leery, Joey, tanto per non essere da meno rispetto ai giorni precedenti, è costretta per l'ennesima volta a deporre le sue armi, questa volta nei confronti della Sig.ra Ryan che sembra la sola a poter aiutare la sorella. Nonostante ora Bessie possa partorire più o meno in più tranquillità, Joey non riesce ancora a dimostrarsi quella sorella che Bessie si aspetta da lei. Quell'immagine le ricorda molto la madre scomparsa anni prima e questo le fa troppo male. Sarà Dawson, almeno una volta, ad aiutare Joey. Le sue parole l'aiuteranno a vedere la situazione dalla giusta prospettiva e ad essere così quella mano e quell'appoggio di cui la sorella ha bisogno.
Questo per Joey è un episodio clou. Costretta a stare segregata per un interno sabato nella biblioteca scolastica come punizione per aver picchiato un compagno che la importunava, Joey ora è alle strette e non può più assolutamente continuare a fingere. Benché il suo intento in un primo momento è questo, ad un certo punto, quando per gioco deve baciare Dawson, è costretta ad arrendersi. In uno scontro apocalittico con Jen, Joey finisce col confessarle che lei è innamorata di Dawson. Mentre gli altri si bisticciano per una motivazione piuttosto superficiale, Joey ha bisogno di mettere tutti a tacere e far capire che i loro problemi sono nulla in confronto al suo. Lei ormai è ad un punto limite, non ce la fa più a tenersi tutto dentro e far finta di nulla. Si sente sola, senza prospettive e, soprattutto, derubata. Questo lascia sconvolti tutti, in particolar modo Dawson che si rende conto immediatamente di non esserle stato vicino così come lei lo è stata con lui.
Finalmente le cose sembrano aver cambiato rotta per la sfortunata Joey, ma non siamo frettolosi. L'arrivo in città di Billy, un ex ragazzo di Jen, sembra far ritornare il sorriso sulla bocca di Joey. Nonostante lei menta a riguardo, Joey sembra gioire di questa situazione. Un possibile scioglimento tra Dawson e Jen non potrebbe far altro che avvantaggiare lei. Così, segretamente e innocentemente vigliacca, Joey si precipita ad una festa in compagnia di Dawson. Quando però le cose stavano cominciando ad andare per il verso giusto, Jen si ripresenta agli occhi di Dawson costringendo Joey ad ubriacarsi e, persino, stare alle attenzioni perverse di uno sconosciuto. Sarà Pacey in un primo momento a soccorrerla, questo almeno fino a quando Dawson, dopo essere stato lasciato da Jen, corre da lei rendendosi conto di quanto l'amica stia soffrendo per tutta questa situazione.
Mentre Dawson sembra aver scelto altre vie per dimenticare Jen, nel frattempo, a scuola, Joey non sembra avere le stesse opportunità di svago. Dopo aver accettato un innocente passaggio da Warren, un compagno di classe, Joey si vede immischiare in una brutta situazione. Warren ha messo in giro la voce di essere stato a letto con lei. Così, se da una parte tutta la scuola da fede a queste voci, dall'altra Joey sembra riuscire a trovare solo l'alleanza di Jen che, come sua complice, vuole a tutti i costi rimettere al proprio posto Warren. Così, per il famoso detto "occhio per occhio, dente per dente", Joey a sua volta mette in giro un'altra versione dei fatti: dopo essere stata a letto con Warren è rimasta incinta. Questo naturalmente è un colpo ancora più duro, tanto duro da costringere lo spavaldo ragazzo ad arrendersi.
Joey, come tutti gli altri, in questo episodio è vittima delle stramberie di Dawson. Per l'ormai attesissimo Venerdì 13, Joey partecipa con tutti gli altri ad una festa a tema organizzata a casa Leery. Almeno per una volta però vuole deporre la sua suscettibilità e essere lei l'artefice di uno scherzo che colpirà dritto al cuore il povero Dawson.
Quello che avviene in questo episodio imbarazza e sconvolge davvero molto la piccola Joey. Per non veder sfumare la possibilità di ottenere una borsa di studio utile a finanziare i suoi prossimi studi al college, Joey accetta di essere d'appoggio negli studi a Pacey. Quello che però in principio sembra un campo di battaglia ricco di freccette sarcastiche e battute offensive, in poco tempo si trasforma in un vero e proprio viale degli innamorati. Comincia a nascere tra lei e Pacey una sorta di intesa che, comunque, sembra colpire più il ragazzo dall'ormone facile piuttosto che lei. E' per questo che, in un avvenimento del tutto inaspettato, Joey si vede baciare dall'amico. Naturalmente Pacey sa cosa c'è nella mente di Joey e non può fare altro che accettare il suo rifiuto.
Il futuro per Joey viene prima di ogni cosa. E' per questo che è anche capace di mettere da parte la sua già misera reputazione e il suo orgoglio per prendere parte all'annuale concorso di bellezza di Capeside, con il fine ultimo di vincere il primo premio in denaro. Joey però non credeva assolutamente che sarebbe stato così difficile. Dopotutto però, anche se non riuscirà a vincere il primo premio, Joey avrà un'altra ricompensa, forse anche più ricca. Vedendola in queste vesti, Dawson ha avuto finalmente il colpo di genio e le confessa di vederla ora in un modo tutto nuovo. Joey però sa che non sono un po' di trucco o una bella acconciatura le armi giuste per attirare a se le attenzioni di Dawson e vuole essere completamente certa che la nascente attrazione dell'amico nei suoi confronti sia dovuta a qualcosa di più vero.
Combattuta dal fatto che debba far visita al padre in prigione per il suo compleanno, Joey cerca l'appoggio di Dawson che ora sembra aver compreso e voler ricambiare l'affetto che lei prova nei suoi confronti. La cosa però non sarà assolutamente semplice e Joey è costretta ancora una volta a ripudiare quel genitore così meschino. Sarà Dawson a parlare al Sig. Potter di Joey e lo farà in un modo talmente appassionato che lo stesso non potrà fare altro confessare alla figlia quanto Dawson la ami. Così, convinta che finalmente che lei e Dawson possano stare insieme, Joey corre da lui ma, sfortunatamente, lo troverà in una posizione compromettente; Jen è corsa da Dawson per essere consolata in seguito alla morte del nonno. A questo punto Joey non può fare altro che essere sconvolta e fuggire via. Dawson però non si dà per vinto e, in un tentativo disperato, confessa il suo vero amore a Joey.